Propuesta de un algoritmo paralelo para el proceso de alineamiento de pareado de secuencias biomoleculares
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Date
2015
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Publisher
Universidad Nacional Jorge Basadre Grohmann
Abstract
En la actualidad se ha producido un considerable esfuerzo para desarrollar algoritmos que comparan las secuencias de macromoléculas biológicas (proteínas, ADN y ARN), cuyo objetivo es detectar las relaciones evolutivas tanto estructurales como funcionales. Este es el principal problema de la biología computacional. Estas tareas se llevan a cabo actualmente por herramientas de la bioinformática que han sido desarrolladas con algoritmos secuenciales. Actualmente las computadoras que tienen más de un núcleo están disponibles para el usuario común, y para usar los múltiples procesadores de la computadora es necesario conocer los paradigmas de programación paralela. La implementación del Algoritmo Paralelo ha requerido hacer un llenado de la matriz de scores por sus antidiagonales con todos los procesadores disponibles. El software utilizado para ello fue el C# con la librería TPL (“Task Parallel Library”). La aplicación compara el algoritmo de Needleman-Wunsch con este nuevo algoritmo, comprobando los tiempos de respuesta. Los resultados muestran que el algoritmo paralelo propuesto reduce el tiempo de respuesta en más de un 50% en comparación con el algoritmo de alineamiento global de Needleman-Wunsch.
Description
Keywords
Algoritmos computacionales, Bioinformática, Biología computacional, Programación paralela (computación)