Se estudió la eficiencia de depuración del agua residual por microalgas en las Plantas de Tratamiento de Copare y Magollo. Se realizó un muestreo mensual durante tres meses para evaluar la concentración microalgal en la entrada y salida de las lagunas secundarias, el género que predominó en la Planta de Magollo fue Chlamydomonas y en la Planta de Copare – Cono Sur, Phacus. Se evaluaron los parámetros fisicoquímicos del agua residual, como el pH, temperatura, conductividad eléctrica, OD, DBO5, DQO y se comparó con la norma de los Límites Máximos Permisibles. Se evaluó la remoción de materia orgánica, encontrándose que la Planta de Magollo funciona deficientemente, logrando una eficiencia solo del 25 % respecto a la DBO5 y un 28 % en la DQO, siendo que en la Planta de Tratamiento de Copare – Cono Sur, se obtuvo una eficiencia de 68 % en DBO5 y un 58 % con respecto a la DQO, lo que indica una eficiencia regular, pero aceptable.